La mayoría de estas universidades han sido creadas por organizaciones indígenas, respondiendo a la necesidad de contar con una educación superior para los jóvenes de sus comunidades y, sobre todo, de una educación que incluya los saberes de sus pueblos y que combine el conocimiento originario con el conocimiento occidental. Algunas después de un tiempo han conseguido apoyo gubernamental, otras funcionan con sus propios recursos y aportes de las comunidades.