México analiza 2.5% de muestras de COVID para conocer variantes
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Cuartoscuro

En México se analizan al mes 2.5% de las muestras de pruebas positivas COVID para conocer la variante

Por esta razón es imposible que cada persona sepa qué variante tiene, aunque los especialistas aseguran que saber esto no es relevante a nivel individual, solo a nivel epidemiológico.
Cuartoscuro
7 de enero, 2022
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De todas las pruebas COVID que se hacen en México, solo se analizan para saber qué variante está causando la infección, 2 mil 500 de las muestras que dan positivo por PCR. Las que se usan para test de antígenos no sirven para este análisis. 

Las que se analizan se eligen por regiones, para tener una representatividad de todo el país, sobre todo de zonas con mucha población o fronterizas con alta movilidad. Pero las muestras deben tener ciertas características, como una cierta cantidad de material genético. Por eso a las personas no se les dice qué variante tienen, porque son pocas muestras de las que se hace la secuenciación y ese estudio es posterior a que se confirma el positivo. 

Así lo explican a Animal Político, cinco integrantes del Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómina (CoVigen-Mex), que se conformó para ayudar a la Secretaría de Salud justamente en la identificación y el monitoreo de las variantes de virus respiratorios que circulan en el país. 

Para saber qué variante está circulando se hace una secuencia del genoma del virus de una muestra, tomada a una persona que ha dado positivo por PCR. El genoma es el compendio de toda la información genética de un organismo. Lo que se hace es determinar cada una de las bases o de las letras que conforman a un virus. 

Con programas de cómputo se comparan las nuevas secuencias con las del virus original, por ejemplo, el de Wuhan, China, y se determina cómo ha variado. 

Carlos Arias, coordinador del CoViGen-Mex e investigador del Instituto de Biotecnología de la UNAM, precisa que si hasta hace dos semanas había aproximadamente unas 100 mil muestras positivas al mes y si se secuencian 2 mil 500 en ese mismo periodo, eso da un porcentaje de 2.5%. Pero si suben las pruebas positivas, como está sucediendo, ese porcentaje irá bajando, porque el número que se secuencia se mantiene más o menos fijo.

De la secuenciación de las muestras se encargan el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), el Instituto de Medicina Genómica (Inmegen) y otras instituciones que participan en el CoViGen-Mex como el Instituto de Biotecnología (IBT) de la UNAM, la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, el Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (Ciad). Todas estas instituciones suben sus hallazgos al Gisaid, una plataforma internacional donde se reportan los datos de las variantes en todos los países. 

En esta plataforma es donde se tiene registrado que en México, hasta el momento, hay confirmados 368 casos de ómicron, distribuidos en 15 estados, aunque la mayoría se encuentran en Ciudad de México, donde hay 267. 

Hacer la secuenciación del genoma de virus, para determinar qué variante es, es un procedimiento caro, dice Arias. El costo es de más o menos 50 dólares (cerca de mil pesos) por cada secuencia. “En 2021 tuvimos apoyo para secuenciar 12 mil muestras en todo el año y este año estamos solicitando una ampliación. Tenemos presupuesto para los primeros dos meses, pero Conacyt está interesado en apoyarnos”. 

Alejandro Sánchez, también investigador del Instituto de Biotecnología de la UNAM e integrante del CoViGen-Mex, precisa que el Conacyt los apoya, pero con la desaparición de los fideicomisos, deben esperar hasta que baja el presupuesto y demás y el dinero lo irán recibiendo hasta marzo. “Tenemos que trabajar casi dándole crédito al gobierno y eso es un cuello de botella”. 

El coordinador del CoViGen-Mex dice que lo secuenciado en México está muy por debajo de los números, por ejemplo, de Dinamarca que secuencia el 70% de sus muestras, pero que aun así ese porcentaje da una idea clara de lo que sucede en el país. 

En eso de que se secuencia lo suficiente coincide con él Sánchez. “En Sudáfrica hacían la secuenciación de 500 muestras al mes y encontraron la variante beta, con una población de 60 millones de personas. Claro, en vigilancia genómica más siempre es mejor, pero el problema son los recursos, primero los financieros, después la disponibilidad de material para hacer los muestreos, en el mundo hay escasez de plásticos, y luego los recursos humanos, en cada laboratorio tenemos dos o tres personas que hacen 500 muestras cada semana, más todas las muestras que se procesan para otros fines de investigación”. 

Arias describe que las muestras que se eligen para secuenciar provienen de todo el país, pero predominan las de estados con mucha actividad turística, como Jalisco, Baja California Sur, Guerrero, también las de lugares que son fronteras con paso internacional como Baja California Norte, Chiapas, y, por supuesto, las de los centros de alta densidad poblacional, como la Ciudad de México. 

Los resultados se suben al Gisaid, aunque la información que ahí se presenta tiene un retraso de al menos dos semanas, que es lo que tarda todo el trabajo de determinar las variantes en las muestras y subir la información a la plataforma. 

“Como se buscan muestras de ciertas zonas y que tengas ciertas características, como una determinada cantidad de material genético, más o menos tarda una semana reunir 500 muestras y enviarlas, por ejemplo, a nuestro laboratorio. Después tardamos otra semana en hacer la secuenciación y más o menos otros tres o cuatro días en el análisis bioinformático (que es ver los cambios respecto a la secuencia original). Luego se prepara un reporte que se entrega al InDRE y a la Secretaría de Salud y que nosotros hacemos público en la página del consorcio”, explica Alejandro Sánchez. 

Ese trabajo podría hacerse más rápido si se contará con equipos portátiles y personal para secuenciar en los hospitales o en los lugares donde se toma la muestra, así se podrían tener los resultados en 48 horas y se tomarían decisiones más rápidas de política pública, pero no hay presupuesto para esto. 

¿Una persona debería saber qué variante tiene o no es relevante?

Respecto a si a las personas se les debería comunicar qué variante tienen, los especialistas coinciden en que esto, a nivel individual no es relevante, solo a nivel epidemiológico y para la toma de decisiones de gobierno. 

José Campillo, biólogo y virólogo de la Facultad de Ciencias de la UNAM y también integrante del CoViGen-Mex, explica para todos los casos de COVID el tratamiento y las recomendaciones son las mismas, eso no se modifica, por eso para las personas no es relevante saber qué tipo de variante tienen. 

“Eso es para los epidemiólogos, para las autoridades sanitarias de los países, para saber qué variantes hay circulando, cuál puede ser la predominante y qué decisiones se toman, si se hacen cercos sanitarios, por ejemplo”, abunda. Para las personas, dice, lo importante es saber si tienen COVID o no, para avisar a sus contactos, hacer cuarentena y estar alerta por cualquier complicación. 

Clínicamente no es algo que deba preocuparle a las personas el tipo de variante que tienen, confirma Andreu Comas, médico virólogo y epidemiólogo de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, y también integrante del CoViGen-Mex. La importancia es a nivel epidémico, para conocer del surgimiento de nuevas variantes, cómo se distribuyen, cómo es la importación, cómo es la transmisión local, si hay riesgo de evasión de las vacunas o de los anticuerpos monoclonales. 

A nivel paciente, agrega, solo es relevante analizar qué variante está causando la infección cuando, por ejemplo, se empiezan a ver casos graves en personas que no deberían presentar cuadros graves, por su edad o su condición de salud, “sí hay que ver si es una nueva variante, cepa, o subtipo del virus la que está causando cuadros más severos”. 

Sobre si importa saber la variante porque hay unas que causan cuadros más severos, como delta y otras más leves, como ómicron, los especialistas coinciden en que aún no hay estudios concluyentes para decir que de verdad ómicron causa cuadros menos graves. 

Leer más | Ómicron mata a personas, no debería ser calificada como ‘leve’, advierte la OMS

“Todavía no hay evidencia contundente de que ómicron produzca casos más leves, no hay los estudios suficientes aún para decir que por la misma naturaleza del virus los casos no se tornen severos, por eso no hay una ventaja clínica en que cada paciente sepa cuál es la variante que tiene, porque las recomendaciones clínicas son las mismas”, sostiene Guillermo de Anda Jauregui, integrante del CoViGenMex e investigador en ciencias biomédicas. 

Aunque, dicen los especialistas, los estudios preliminares y la evidencia parece mostrar que ómicron infecta los bronquios, pero no tanto a otros órganos como el pulmón, los riñones, el corazón, el hígado, como en el caso de otras variantes. La vacunación también es un factor fundamental para que los cuadros no se tornen graves. 

Pero las recomendaciones siguen siendo las mismas: vacunarse, ponerse los refuerzos de las vacunas en cuanto sea posible, sana distancia, lavado de manos, cubrebocas bien puesto en nariz y boca y ventilación de espacios, y, por lo tanto, evitar las aglomeraciones y los lugares cerrados y mal ventilados. 

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COVID: por qué las vacunas de células T podrían ser la clave para la inmunidad a largo plazo

Algunas vacunas de células T ya están entrando a la etapa de ensayos clínicos. En el futuro, estas vacunas podrían ayudar al mundo a convivir con la COVID en forma más segura.
14 de enero, 2022
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Dado que la variante ómicron ha aumentado rápidamente las infecciones por covid, la atención se centra una vez más en los anticuerpos, y con razón.

Los anticuerpos desempeñan un papel fundamental en la lucha contra los virus y son importantes para evitar que el coronavirus infecte nuestras células.

Esta es la razón por la que algunos países han montado campañas de vacunación de refuerzo en respuesta a los recientes aumentos repentinos de covid, con el fin de incrementar los niveles de anticuerpos.

Pero hay un problema. Los anticuerpos contra la covid no persisten tan bien, de ahí la necesidad de refuerzos.

De hecho, si bien estas inyecciones adicionales mantienen una buena protección contra la covid grave, se estima que las personas que reciben una tercera dosis de la vacuna de Pfizer verán caer su protección contra el desarrollo de síntomas de covid (de cualquier grado) del 75 % al 45 % durante las diez semanas siguientes a su refuerzo.

Los científicos han cuestionado si recargar permanentemente los anticuerpos, solo para verlos disminuir pronto, es una estrategia sostenible.

Si queremos desarrollar una inmunidad duradera a la covid, tal vez sea el momento de analizar nuevamente nuestra respuesta inmunitaria más amplia.

Los anticuerpos son solo una parte de nuestro intrincado y entrelazado sistema inmunológico. Específicamente, tal vez sea hora de que nos concentremos en las células T.

Cómo funcionan las diferentes células inmunitarias

Cuando el cuerpo está infectado, digamos con un virus, responde produciendo glóbulos blancos llamados linfocitos. Los tipos principales de linfocitos son las células B, que producen anticuerpos, y las células T, que apoyan la producción de anticuerpos de células B o actúan como células asesinas para destruir el virus.

Algunas células T y células B también se convierten en células de memoria de larga duración que saben qué hacer si se encuentran con la misma infección nuevamente.

Las células B y las células T “ven” el virus de diferentes maneras.

En términos generales, las células B reconocen las formas en el exterior del virus, creando anticuerpos que se traban o acoplan con ellas (un poco como dos piezas de rompecabezas que coinciden).

Ilustración de anticuerpos (en blanco) uniéndose a las proteínas Spike del virus que causa covid.

Science Photo Library
En esta ilustración se ve a los anticuerpos (en blanco) uniéndose a la proteínas del virus que causa covid.

En cambio, las células T reconocen fragmentos de los aminoácidos que componen el virus, incluyendo fragmentos que normalmente se encuentran en su interior.

Cada virus tiene muchas características únicas, tanto por dentro como por fuera. La respuesta inmune de una persona puede acabar produciendo una variedad de células T y células B que, entre ellas, atacan una amplia gama de esos rasgos.

Esto a veces se llama “amplitud de respuesta“. Una buena amplitud de respuesta involucra a muchos linfocitos diferentes que ven diferentes partes del virus, lo que hace que sea muy difícil para el virus ocultarse completamente.

Ómicron preocupó a muchos investigadores porque una parte clave de su estructura externa a la que se dirigen los anticuerpos, la proteína espiga o spike (en rojo en la primera imagen arriba), tiene muchas mutaciones, lo que reduce la capacidad de los anticuerpos para unirse al virus y neutralizarlo.

Sin embargo, debido a que las células T se enfocan en otras partes del virus, es posible que tales mutaciones no impidan identificarlo.

De hecho, datos preliminares que aún están pendientes de revisión por pares, sugieren que éste es el caso.

Esto es tranquilizador, porque la proteína espiga del virus ha cambiado mucho durante la pandemia, lo que sugiere que siempre podría estar mutando fuera del alcance de los anticuerpos.

Sin embargo, las células T deberían ser menos susceptibles a la mutación viral. Las células T diseñadas para combatir la covid también parecen durar mucho más en el cuerpo humano que los anticuerpos.

Pero, ¿tienen las células T tienen un efecto importante?

Ya sabemos mucho sobre el papel crítico de las células T en otras infecciones virales.

Este conocimiento sugiere que, contra la covid, una buena respuesta de las células T no solo es necesaria para ayudar a las células B a producir anticuerpos, sino que también debería crear células T asesinas que puedan reconocer ampliamente el coronavirus, protegiendo contra múltiples variantes.

Todavía se está recopilando evidencia sobre la covid y las células T. Sin embargo, gradualmente se está volviendo más claro que las células T parecen jugar un papel importante en esta enfermedad.

Una mujer es vacunada contra la covid

Getty Images
Los anticuerpos contra la covid no persisten tan bien, de ahí la necesidad de vacunas de refuerzo.

Se ha demostrado que la generación de células T ampliamente reactivas, que reconocen una variedad de características virales, está asociada a una fuerte respuesta contra la enfermedad.

En particular, la generación de buenas cantidades de células T asesinas ampliamente reactivas parece hacer que la covid sea menos grave.

Por el contrario, una respuesta deficiente de las células T se asocia con peores resultados para los pacientes. De hecho, se ha descubierto que algunas personas que han tenido covid grave tienen defectos persistentes en su respuesta de células T.

Muchos estudios que demuestran la eficacia de las células T en el caso de la covid tienen una característica común: la necesidad de una amplia gama de respuestas, con células T (y células B) que reconozcan múltiples características del virus. Se cree que esta podría ser la clave para experimentar una enfermedad más leve.

Esta amplitud podría incluso extenderse más allá de este coronavirus específicamente. El virus que causa covid es un betacoronavirus, y hay varios betacoronavirus que ya nos infectan, incluidos los que causan el resfriado común.

Las características compartidas entre estos virus que causan el resfriado y la covid pueden significar que las células T que ya teníamos contra el resfriado nos están protegiendo ahora contra la covid. Se están descubriendo indicios de esto tanto en adultos como en niños.

¿Qué significa esto para las vacunas?

Muchas de las vacunas diseñadas hasta la fecha, incluidas las de Moderna, Pfizer y AstraZeneca, se han centrado en un solo objetivo principal del coronavirus: su proteína espiga.

Estas vacunas han sido tremendamente efectivas en la generación de anticuerpos. También estimulan una respuesta de células T a la proteína espiga.

Pero ahora que entendemos más sobre el papel de las células T, la importancia de tener una respuesta amplia de estas células y el problema de la disminución de anticuerpos, tal vez deberíamos considerar reenfocar nuestras estrategias de vacunas y dirigirlas a generar células T y a apuntar a más de una proteína.

Mujer estornudando

Getty Images
Si queremos desarrollar una inmunidad duradera a la covid, tal vez sea el momento de analizar nuevamente nuestra respuesta inmunitaria más amplia.

Hay investigaciones en esta dirección. Se han completado los primeros ensayos clínicos de vacunas que pueden desencadenar respuestas de células T auxiliares y asesinas mucho más reactivas, y varias otras vacunas de células T también están entrando a la etapa de ensayos clínicos.

Estas vacunas de células T podrían ser la clave para fortalecer la inmunidad existente y generar una protección duradera contra síntomas graves generados por variantes del virus que causa covid.

Si esto es así, esas vacunas serían una contribución fundamental para ayudar al mundo a convivir con la covid en forma más segura.

*Este artículo se publicó originalmente en The Conversation. Puedes leer la versión original aquí.

Sheena Cruickshank es profesora de ciencias biomédicas en la Universidad de Manchester en Reino Unido.


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